El Registro Electoral se crea para la inscripción permanente de los ciudadanos que tengan derecho a ella con arreglo a la ley (Decreto Ley 343, 17 de marzo de 1925). Junto a él, se crea el Conservador del Registro Electoral, oficina que en un comienzo estaba a cargo del Secretario de Senado y del archivero de la misma corporación. En 1930 y mediante la Ley 4.763 se substituye la designación de "Conservador" por la de "Dirección" del Registro Electoral, como la oficina encargada de la dirección general y la supervigilancia de los servicios de carácter electoral a que se refiere la expresada ley.

A la fecha, el Fondo está compuesto por los Subfondos Dirección del Registro Electoral, Juntas Electorales y Tribunal Calificador de Elecciones.